一棟アパート売却の税金｜譲渡所得税の計算・5年ルール・税額シミュレーション【2026年版】

一棟アパートを売却するとき、最初に確認すべきなのは「いくらで売れるか」だけではありません。売却益が出る場合は、譲渡所得税・住民税・復興特別所得税が発生し、所有期間の判定を誤ると税率が大きく変わります。

特に注意したいのが、いわゆる「5年ルール」です。長期譲渡所得なら合計20.315%、短期譲渡所得なら合計39.63%が目安になります。差はほぼ2倍です。

また、税金は売却価格そのものにかかるのではなく、売却価格から取得費・譲渡費用などを差し引いた「課税譲渡所得」にかかります。購入時の契約書、建築費、仲介手数料、測量費、立退料などの資料が残っているかどうかで、納税額が大きく変わることがあります。

一棟アパートでは、土地と建物、個人所有と法人所有、相続物件、消費税の課税事業者判定などが絡みます。マイホーム売却の税制と同じ感覚で判断すると、使えない特例を前提にしてしまうこともあります。

この記事では、一棟アパート売却に関わる税金を「税金正典」として整理します。手取り全体の計算ではなく、譲渡所得税・5年判定・取得費・消費税・買換え特例に集中して解説します。

ローン残債、仲介手数料、測量費、解体費、税引後の最終手取りまで知りたい方は、関連記事「一棟アパート売却の手取り計算」もあわせて確認してください。

この記事のポイント

一棟アパート売却の税金は、「売却価格」ではなく「課税譲渡所得」に税率をかけて計算します。最初に見るべきなのは、所有期間、取得費、譲渡費用、消費税、申告時期です。

この記事で押さえるべきポイントは、次の5つです。

• 一棟アパート売却で中心になる税金は、譲渡所得税・住民税・復興特別所得税です。
• 税率は、売却した年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるかどうかで変わります。
• 長期譲渡所得は所得税15%・復興0.315%・住民税5%、合計20.315%です。
• 短期譲渡所得は所得税30%・復興0.63%・住民税9%、合計39.63%です。
• 取得費や譲渡費用の資料が残っているほど、課税譲渡所得を正しく圧縮できる可能性があります。

この記事は一般的な税務情報の整理です。個別の税額計算、特例適用、申告判断は税理士または所轄税務署に確認してください。

30秒で分かる結論

一棟アパート売却の税金は、まず「課税譲渡所得」を出し、長期20.315%または短期39.63%をかけて概算します。5年ルール、取得費、譲渡費用の3点を外さなければ、大きな見落としはかなり防げます。

たとえば課税譲渡所得が2,680万円の場合、長期なら税額は約544万円、短期なら約1,062万円です。差額は約518万円になります。

同じ売却価格でも、売る時期が1年違うだけで税額が大きく変わることがあります。

本記事では税額計算に集中します。ローン残債、売却諸費用、仲介手数料、税金を差し引いた最終的な手取りは、関連記事「一棟アパート売却の手取り計算」で詳しく解説しています。

一棟アパート売却でかかる税金4種類

一棟アパート売却で確認すべき税金は、譲渡所得にかかる税金、印紙税、抵当権抹消に関わる登録免許税、消費税の4つです。中心は譲渡所得税ですが、契約・決済・申告の各段階で他の税金も発生します。

譲渡所得税・復興特別所得税・住民税

最も大きくなりやすいのが、譲渡所得にかかる税金です。実務上まとめて呼ばれることがありますが、実際には所得税、復興特別所得税、住民税に分けて考えます。

長期譲渡所得（5年超）の場合は所得税15% + 復興0.315% + 住民税5% = 合計20.315%。短期譲渡所得（5年以下）の場合は所得税30% + 復興0.63% + 住民税9% = 合計39.63%です。

復興特別所得税は、所得税額に対して2.1%を乗じるため、長期では15% × 2.1% = 0.315%、短期では30% × 2.1% = 0.63%になります。

印紙税

売買契約書を作成する場合、契約金額に応じた印紙税がかかります。2026年時点では、不動産譲渡契約書の印紙税には軽減措置があり、たとえば契約金額5,000万円超1億円以下では3万円、1億円超5億円以下では6万円が目安です。

登録免許税

売主側でよく出てくるのは、抵当権抹消登記に関わる登録免許税です。アパート購入時に金融機関の融資を受けている場合、物件には抵当権が設定されていることが一般的で、売却決済時には、売買代金でローンを完済し、抵当権を抹消して買主へ引き渡します。

消費税

一棟アパート売却で見落としやすいのが消費税です。土地の譲渡は、原則として消費税の非課税取引です。一方、建物の譲渡は、課税事業者が事業として行う場合には消費税の課税対象になり得ます。

「住宅の家賃は非課税だから、アパートを売っても消費税は関係ない」と考えるのは危険です。賃貸収入の扱いと、事業用資産である建物を売却する扱いは分けて確認する必要があります。

税金4種類を手取り計算に接続する

ここまでの税金は、最終的な手取りにすべて影響します。本記事では税金計算を中心に扱います。売却価格からローン残債、仲介手数料、測量費、解体費、登記費用、譲渡所得税などを差し引いた最終手取りを知りたい方は、関連記事「一棟アパート売却の手取り計算」を確認してください。

譲渡所得税の計算式

譲渡所得税は、売却価格にそのまま税率をかけるのではありません。譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引き、必要に応じて特別控除を差し引いた「課税譲渡所得」に税率をかけます。

基本式は次のとおりです。

課税譲渡所得 = 譲渡価額 − 取得費 − 譲渡費用 − 特別控除額
税額 = 課税譲渡所得 × 税率

長期譲渡所得なら20.315%、短期譲渡所得なら39.63%です。譲渡価額は基本的には買主から受け取る売却代金。ただし、不動産売却では、売買代金以外に未経過固定資産税・都市計画税の精算金を受け取ることがあります。譲渡日から年末までの期間に対応する固定資産税等の精算金は、譲渡価額に含める扱いです。

取得費は、売却した土地や建物を取得するためにかかった費用です。土地・建物の購入代金、建築代金、購入時の仲介手数料、登録免許税、不動産取得税、印紙税、設備費、改良費、土地造成費、測量費、使用開始前の借入金利息の一部などが該当します。建物については、購入代金や建築代金をそのまま取得費にできるわけではなく、所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算します。

譲渡費用は、売るために直接かかった費用です。売却時の仲介手数料、売買契約書の印紙税、売却のための測量費、売却のための建物解体費、借家人に支払う立退料などが該当します。一方で、通常の修繕費、固定資産税、管理費などは譲渡費用にならない可能性があります。

特別控除は、土地や建物の譲渡で、一定の要件を満たす場合に使えることがあります。ただし、一棟アパートの売却では、マイホームの3,000万円特別控除を当然に使えるわけではありません。投資用・賃貸用の一棟アパートは、居住用財産ではないためです。

5年ルールと売却年1月1日判定

長期・短期の判定は、「売却した年の1月1日時点」で所有期間が5年を超えるかどうかで見ます。購入日から丸5年経過しただけで長期になるわけではありません。

「引渡し日」と「契約日」の扱い

譲渡所得の申告では、資産を譲渡した日は、原則として売買契約に基づいて資産を買主に引き渡した日とされています。ただし、売買契約などの効力発生日に譲渡があったものとして申告できる場合もあります。年またぎの取引では特に注意が必要です。

売却時期そのものの判断は、関連記事「一棟アパートの売り時判断」で、市況・個別事情・税制カレンダーをまとめています。

税額シミュレーション：長期と短期でいくら違うか

課税譲渡所得が2,680万円ある場合、長期の税額は約544万円、短期の税額は約1,062万円です。差額は約518万円になり、売却時期の判断に大きく影響します。

計算式：1億2,000万円 − 8,500万円 − 820万円 = 2,680万円。長期譲渡所得（20.315%）なら税額約544万円、短期譲渡所得（39.63%）なら約1,062万円、差額は約518万円です。

ただし、ここで重要なのは「長期になるまで待てば必ず得」と単純化しないことです。税額差が約518万円あっても、待つ間に売却価格が600万円下がれば、税率面のメリットは相殺されます。さらに、空室が増える、大規模修繕が発生する、金利上昇で買主の融資が厳しくなる、築年数が進んで評価が下がる、といったリスクもあります。

取得費・譲渡費用で税金はどこまで下げられるか

取得費や譲渡費用を正しく計上できると、課税譲渡所得が下がり、税額も下がります。長期なら費用100万円あたり約20.3万円、短期なら約39.6万円の税額差につながります。

取得費不明なら5%概算取得費

購入時の契約書や領収書が残っていない場合、売却金額の5%相当額を取得費とする方法があります。これは資料がない場合の救済策ですが、税額が大きくなりやすい方法でもあります。すぐ5%で諦めず、まず資料復元を試みてください。

手取り全体への影響を確認したい方は、関連記事「一棟アパート売却の手取り計算」もあわせて確認してください。

消費税・法人所有・相続物件の注意点

一棟アパート売却では、個人の譲渡所得税だけでなく、消費税、法人税、相続取得時の取得費・取得時期も確認が必要です。特に建物売却と相続物件は、自己判断で進めると税額が大きく変わることがあります。

法人所有の場合は個人の譲渡所得と違う

法人が一棟アパートを所有している場合、個人の長期・短期譲渡所得の税率表をそのまま使うことはできません。法人では、売却益は法人の所得として他の損益と合算され、法人税等の計算に入ります。決算期、減価償却、借入金、役員借入、消費税、欠損金、役員報酬なども絡みます。法人所有の一棟アパートについては、関連記事「法人所有不動産の売却と決算期」で詳しく扱うのが適切です。

相続物件は取得費と取得時期を引き継ぐ

相続や贈与で取得した一棟アパートを売却する場合、取得費と取得時期は、原則として被相続人や贈与者のものを引き継ぎます。たとえば、親が1995年に購入したアパートを2024年に相続し、2026年に売却する場合、所有期間は相続した2024年からではなく、親が取得した1995年から引き継いで判定するのが基本です。これにより、相続から間もない売却でも長期譲渡所得になる可能性があります。

売却時期の判断は、税率だけでなく、市況、修繕、空室、相続人間の合意形成も関係します。売り時全体の整理は、関連記事「一棟アパートの売り時判断」を確認してください。

事業用資産の買換え特例は使えるか

事業用資産の買換え特例は、一定の事業用不動産を売却して別の事業用資産に買い換える場合に、譲渡益の一部への課税を将来に繰り延べる制度です。免税ではなく、課税の先送りです。

重要なのは、税金が消えるわけではないことです。買換え後の資産の取得費は、売却した資産の取得費を引き継ぐ形になります。将来、その買換資産を売却するときに、繰り延べられた部分が課税関係として戻ってくるイメージです。

国税庁のタックスアンサーでは、長期所有の国内土地建物等から国内の一定資産への買換えについて、令和8年3月31日までの譲渡とする説明があります。一方、財務省の令和8年度税制改正の大綱では、特定の資産の買換え等の課税特例について、見直しを行ったうえで適用期限を延長する方向が示されています。

出口戦略全体を考える場合は、関連記事「投資用不動産の出口戦略」もあわせて確認してください。

よくある間違い・FAQ

一棟アパート売却の税金で多い間違いは、5年判定、取得費不明、年またぎ、共有名義、法人所有、譲渡損失、申告期限の7つです。どれも税額や申告年に直結します。

Q1. 短期と長期の境目は？

売却した年の1月1日時点で、所有期間が5年を超えているかどうかです。5年を超えていれば長期譲渡所得、5年以下なら短期譲渡所得です。購入日から単純に5年経過しただけではありません。たとえば2021年4月取得の物件を2026年5月に売却しても、2026年1月1日時点では5年を超えていないため、短期になる可能性があります。

Q2. 取得費の領収書を紛失したら？

すぐに5%概算取得費で諦めるべきではありません。購入時売買契約書、重要事項説明書、通帳、ローン契約書、登記資料、固定資産税評価証明、過去の確定申告書、減価償却明細などを探してください。それでも取得費が分からない場合、売却金額の5%相当額を概算取得費とする方法があります。ただし税額が大きくなりやすいため、税理士に資料復元の余地を確認することをおすすめします。

Q3. 12月契約・1月引渡しの税率判定は？

資産の譲渡日は、原則として引渡し日です。ただし、契約の効力発生日で申告できる場合もあります。そのため、12月契約・1月引渡しのような年またぎ取引では、契約日、引渡日、決済日、登記日を確認し、どの年の譲渡として申告するかを税理士に確認してください。税率判定、申告年、住民税の時期、納税原資の管理に影響します。

Q4. 共有名義の場合は？

共有名義の場合、各共有者が自分の持分に応じて譲渡所得を計算し、必要に応じて確定申告します。たとえば兄弟2人で2分の1ずつ所有している場合、売却価格、取得費、譲渡費用を持分割合で分けて計算するのが基本です。共有者の一部だけが売却に反対している場合や、相続登記が未了の場合は、税金以前に売却手続きの整理が必要です。

Q5. 法人所有は個人と何が違う？

法人所有の場合、個人の長期20.315%・短期39.63%という譲渡所得の税率表では判断しません。法人では、売却益は法人の所得として他の損益と合算され、法人税等の対象になります。決算期、欠損金、減価償却、消費税、借入返済、役員借入金などを含めて検討します。法人所有の場合は、関連記事「法人所有不動産の売却と決算期」を確認してください。

Q6. 売却損が出たら他所得と通算できる？

土地建物等の譲渡損失は、原則として給与所得や不動産所得など他の所得と損益通算できません。マイホームの買換え等では一定の譲渡損失の特例がありますが、投資用一棟アパートでは当然に使えるわけではありません。売却損が出る場合でも、税務上どう扱うかは税理士に確認してください。

Q7. 確定申告はいつ？納税原資は？

譲渡所得の申告は、原則として譲渡した年の翌年2月16日から3月15日までです。たとえば2026年中に一棟アパートを譲渡した場合、原則として2027年2月16日から2027年3月15日までに申告します。所得税・復興特別所得税は申告期限までに納付するのが基本です。住民税はその後、自治体から通知される形で負担が発生します。

売却代金をすぐに借入返済や次の投資に使い切ると、納税原資が不足することがあります。売却前に、概算税額分を別枠で残す計画を立ててください。最終的な税引後手取りは、関連記事「一棟アパート売却の手取り計算」で確認できます。

まとめ・無料査定/相談

一棟アパート売却の税金は、売却価格ではなく課税譲渡所得にかかります。税率は、売却した年の1月1日時点の所有期間で長期20.315%か短期39.63%に分かれます。

税額を大きく左右するのは、次の5つです。

• 5年ルールを正しく判定する
• 取得費の資料を集める
• 譲渡費用に入るもの・入らないものを分ける
• 消費税、法人所有、相続物件を個別に確認する
• 買換え特例は免税ではなく課税繰延として判断する

一棟アパート売却では、税金だけでなく、売却時期、買主融資、空室、修繕、残債、測量、賃貸管理、相続人の合意形成も同時に動きます。売却の流れ全体を確認したい方は、関連記事「一棟アパート売却の流れ」をご覧ください。

アークリブでは、投資用一棟収益物件の売却について、売却価格だけでなく、税額・手取り・売却時期・買主候補の見方まで整理してご提案します。営業電話を行わない方針です。査定・相談のご依頼をいただいた場合は、原則として翌営業日中に返信します。売却仲介手数料は、売主応援割として0.5%+税です。

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参考出典

• 国税庁「No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき）」
• 国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」
• 国税庁「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」
• 国税庁「No.3252 取得費となるもの」
• 国税庁「No.3255 譲渡費用となるもの」
• 国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」
• 国税庁「No.3270 相続や贈与によって取得した土地・建物の取得費と取得の時期」
• 国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」
• 国税庁「No.3102 譲渡所得の申告期限」
• 国税庁「No.3240 個人が事業用建物等を譲渡した場合の消費税」
• 国税庁「No.6201 非課税となる取引」
• 国税庁「No.3405 事業用の資産を買い換えたときの特例」
• 国税庁「No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」
• 財務省「令和8年度税制改正の大綱」

最終更新日：2026-05-18（gpt-5.5版 図解10枚改修）