不動産投資 2026.04.19

収益物件を売却した翌年の確定申告完全ガイド｜必要書類・手順・期限・ペナルティ【2026年版】

INDEX目次

「収益物件を売却したけれど、確定申告は何から始めればいいのか分からない」——一棟収益物件を売却した翌年、必ず必要になるのが譲渡所得の確定申告です。給与所得しかない方は会社の年末調整で完結しますが、不動産売却をした年は自分で申告する必要があります。期限を過ぎると無申告加算税（最大30%）や延滞税（年14.6%）が課される可能性もあるため、正しい手順で確実に申告することが重要です。本記事では、必要書類・期限・記入の流れ・e-Taxでの提出方法・ペナルティの回避策まで、実務的に解説します。

確定申告が必要なケースと不要なケース

必要なケース：譲渡所得がプラスの場合

譲渡所得は以下の式で計算されます。

譲渡所得＝売却価格 −（取得費＋譲渡費用）

この計算結果がプラス（利益が出た）場合は、原則として確定申告が必要です。

不要なケース：譲渡所得がゼロまたはマイナス

売却損が出た場合は確定申告の義務はありません。ただし、以下の理由で任意で申告するメリットがあります。

「お尋ね」が税務署から届いた際の対応がスムーズ
損失が大きい場合、後年への影響を整理しておける
法人の場合は欠損金として10年間繰越可能

注意：建物の簿価がほぼゼロ→譲渡所得が膨らむ

築古物件の場合、減価償却が完了して建物簿価がほぼゼロになっているため、「売却価格 < 購入価格」でも税務上は譲渡所得が発生します。詳しくは「築古の一棟アパートは売却できる？」「収益物件の減価償却が終わったら売却すべき？」もご参照ください。

確定申告の期限とスケジュール

期限：売却翌年の3月15日

売却した年	確定申告期限	納税期限
2025年中に売却	2026年3月16日(月)	2026年3月16日(月)
2026年中に売却	2027年3月16日(火)	2027年3月16日(火)

※3月15日が土日の場合は翌営業日

申告から納税までの流れ

時期	やること
売却完了直後	必要書類の収集を開始
2月初旬〜中旬	譲渡所得の計算・申告書の下書き
2月16日〜3月15日	確定申告の提出（e-Tax または税務署）
3月15日	譲渡所得税の納付期限
6月頃	住民税の納付通知書が届く（一括 or 4回分割）

重要：譲渡所得税は売却翌年の3月、住民税は同年6月以降と支払い時期がずれる点に注意してください。納税資金の確保が重要です。

必要書類の一覧と入手先

申告書類（自分で作成 or e-Taxで自動生成）

書類名	役割
確定申告書（第一表・第二表）	全所得の申告
確定申告書第三表（分離課税用）	譲渡所得を記載
譲渡所得の内訳書	売却物件の詳細・取得費の計算

添付書類（自分で集める必要あり）

書類名	入手先	備考
売買契約書のコピー（売却時）	売主控え	必須
売買契約書のコピー（取得時）	購入時の保管書類	取得費の証明に必須
仲介手数料の領収書	仲介会社	取得時・売却時の両方
印紙税の領収書	売買契約書に貼付	—
登記費用・登録免許税の領収書	司法書士からの請求書	—
固定資産税の精算書	不動産会社経由	譲渡費用に算入
譲渡費用の領収書（測量費・解体費等）	各業者	あれば
登記事項証明書（全部事項証明書）	法務局	取得600円程度
本人確認書類（マイナンバー）	自宅	コピーまたは番号通知書

取得時の書類が見つからない場合

購入時の契約書を紛失した場合、取得費を売却価格の5%（概算取得費）として計算するルールがあります。ただし、この方法では実際の取得費よりも大幅に少なくなるため、譲渡所得が膨らみ、税金が高額になります。契約書類は売却まで必ず保管することをお勧めします。

譲渡所得の計算手順（具体例）

ケース1：個人オーナーが築20年木造アパートを売却

前提条件：

取得：2010年に5,500万円で購入（土地3,000万円・建物2,500万円）
売却：2025年に5,000万円で売却
仲介手数料(取得時)：約180万円
仲介手数料(売却時)：約170万円
所有期間：15年（長期譲渡）

ステップ1：建物の減価償却費を計算

式：建物取得価額 × 0.9 × 償却率 × 経過年数

木造アパート(事業用)の償却率：0.046（22年・定額法）
経過年数：15年

2,500万円 × 0.9 × 0.046 × 15年 = 1,553万円

ステップ2：建物の取得費（簿価）を算出

2,500万円 − 1,553万円 = 947万円

ステップ3：取得費の合計

土地3,000万円＋建物簿価947万円＋取得時諸費用180万円 = 4,127万円

ステップ4：譲渡所得の計算

売却価格5,000万円 −（取得費4,127万円＋譲渡費用170万円）= 譲渡所得 703万円

ステップ5：譲渡所得税の計算（長期譲渡）

703万円 × 20.315%（所得税15.315% ＋住民税5%）= 約143万円

このケースでは「500万円損して売却した」つもりが、税務上は703万円の利益が出ている扱いになり、約143万円の納税が必要です。手取り計算は「収益物件の売却手取りはいくら？」もあわせてご覧ください。

e-Taxでの確定申告の手順（5ステップ）

ステップ1：マイナンバーカードとICカードリーダーを準備

マイナンバーカード（または利用者識別番号）
ICカードリーダー、またはマイナポータルアプリ対応スマートフォン

ステップ2：国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス

URL：https://www.keisan.nta.go.jp/

「作成開始」→「e-Taxで提出」を選択。

ステップ3：基本情報の入力

氏名・住所・マイナンバー
給与所得・年金など他の所得情報

ステップ4：分離課税（譲渡所得）の入力

「分離課税の譲渡所得」を選択し、以下を入力：

売却した物件の所在地・面積
売却年月日・売却価格
取得年月日・取得費（建物は減価償却後）
譲渡費用

→ システムが自動的に譲渡所得・税額を計算

ステップ5：送信＆納税

申告書を送信（マイナンバーカード認証）
納税方法を選択：
- 振替納税（口座から自動引落し・最も推奨）
- クレジットカード納付（手数料あり）
- ダイレクト納付（即時）
- 現金納付（金融機関窓口）

振替納税を選ぶと、引落しが4月下旬になり、納税資金の準備に余裕ができます。

確定申告を忘れた場合のペナルティ

ペナルティの種類

ペナルティ	内容	税率・金額
無申告加算税	期限内に申告しなかった	50万円まで15% / 50万〜300万 20% / 300万超 30%
延滞税	納付期限を過ぎた	期限後2ヶ月以内年7.3% / 2ヶ月超年14.6%
重加算税（悪質な場合）	故意に隠した・偽装	40%（無申告の場合）

シミュレーション：143万円の譲渡所得税を1年間放置した場合

項目	金額
本来の税額	143万円
無申告加算税（15%＋20%）	約30万円
延滞税（年14.6%×10ヶ月）	約17万円
合計負担	約190万円

放置期間が長いほど負担は加速します。気づいた時点で速やかに期限後申告するのが最善策です。

期限後でもペナルティを軽減できる方法

法定期限から1ヶ月以内に自主的に申告 → 無申告加算税が免除
税務署から「お尋ね」が届く前に申告 → 加算税が5%軽減
過去5年間まで遡及申告が可能

確定申告で押さえておくべき節税のポイント

ポイント① 譲渡費用を漏れなく計上する

譲渡費用は取得費だけでなく、売却に関わるすべての費用が対象です。

計上できる譲渡費用	例
仲介手数料	不動産会社への手数料
印紙税	売買契約書に貼付
測量費・解体費	売却のために要した費用
立ち退き料	賃借人に支払った場合
名義書換料	借地権の場合

ポイント② 法人所有なら決算期との兼ね合いも検討

法人の場合は確定申告ではなく法人税の決算申告で処理します。本業利益との損益通算で大幅な節税が可能なケースもあります。詳細は「法人所有の収益物件を売却するベストタイミングは？」をご参照ください。

ポイント③ 売却前のシミュレーションが重要

実は確定申告で慌てるのは「想定外の税金が発生した」ケースが大半です。売却前に税額をシミュレーションしておけば、納税資金の確保や売却タイミングの調整ができます。

無料の「事業計画シミュレーター」では、譲渡所得税まで含めた30年CFを自動試算できます。

まとめ｜売却前から確定申告を意識する

項目	ポイント
期限	売却翌年の3月15日（住民税は6月以降）
必要書類	売買契約書（取得時・売却時）が最重要
計算式	譲渡所得＝売却価格 −（取得費＋譲渡費用）
税率（長期）	20.315%（所得税15.315% ＋住民税5%）
税率（短期）	39.63%（所有期間5年以下）
e-Tax	マイナンバーカードで自宅から申告可能
ペナルティ	無申告加算税最大30%＋延滞税年14.6%